Reklama
Nepřihlášený uživatel | Zaregistrovat se
 

Téma:

Koníčky a zálibyNové

Spravuje:

Peters



Reklama



Úvod do genetické genealogie: Beginners Guide to Genetic Genealogy
Databáze české a slovenské DNA: Genebáze
Kde si lze objednat test:
Family Tree DNA - nyní asi nejvhodnější volba
FullGenomes
23andMe
Ancestry DNA
MyHeritage DNA
Forenzní DNA servis
Genomac
Kde lze nalézt shody a další zpracování genetických dat:
Ysearch - zrušeno
mitoYDNA - možná náhrada?
GEDmatch
DNA.LAND
YFull
Další informace:
Facebooková skupina Genetická genealogie
Genetická genealogie na fóru taby.cz
Fórum Anthrogenica
Klub Populární genomika (23andme, SNP, NGS a jiné záhady vaší vlastní DNA)
Klub Rodokmeny, genealogie
Blog Kuby Krcháka (zde gkg): Bohemian genetic genealogy

Viz ten link co jsem dával, používají Illumina a součástí je "Download and own a genotype raw data file with 650,000 SNPs"
Hm, to je vlastně podobný test jako mají 23andMe/FTDNA/Ancestry s 650 000 SNP plus https://sequencing.com/wellness-and-longevity
Teď je jaké testují SNP a jestli jsou ke stažení surová data, nikde to tam nevidím.
Mají.
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
A to je vlastně pravda. A na rozdíl od 23andme mají tuším dopravu zdarma.
 
Pokud by někdo chtěl test kvůli zdravotním reportům, tak v Evropě/Itálii ho dělá Dante Labs, aktuálně v akci za 99€.
 
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
23andme měl v rámci svého SNP kitu pokrytí i mtDNA a nebylo to celé pokrytí, ale bylo to docela slušné, minimálně na určení nějaké základní haploskupiny, cca třetina SNPů z celého mitrochondriálního chromozomu. Co se poruch týká, tak mitochondriální DNA postihují dost často spíš delece a tam SNP čipy moc neřeknou a i kdyby to byl SNP, není to diagnosticky příliš validní.

V rámci toho 23andme setu to bylo docela výhodné, protože to byl jediný autozomální test, který měl i mtDNA.

Nicméně, to se týkalo předchozí verze čipu (v4) a nová v5 má mít snad mitochondriální pokrytí plus mínus podobné - i když lidi si stěžovali, že tam zmizela řada SNPů určujích základní třídy.

Ovšem v5 je výrazně nevhodná pro použití v genealogii, protože má velmi malý překryv s ostatními a je převážně zaměřená na zdravotní SNPy (případně možná jejich vlastní db shod, ale ta je celkem na pytel, co se týká práce s ní), navíc nevím jak to je teď s cenou, ale asi bude srovnatelná jako full mtDNA ve slevě a pokud někoho zajímá čistě jen genealogie, je to zas celkem zbytečná investice.

k958: Do Promethase je možné použít jakákoliv autozomální data, 23andme žádné jiné importovat neumožňuje (aby taky jo, ten health rep. je jejich hlavní know-how a Peters má asi pravdu, že teď už ani objednat nejde od nás vůbec, nejblíž snad odněkud z Evropy, co se týká toho jestli už existující data lze doplnit o ten report, tak čistě hypoteticky to možné je, ty data jsou identická, ale fakticky to 23andme nenabízí "dokoupit" ani jinde, ani kdyby se náhodou plánovalo rozšíření health i k nám, jakože nevím že by se plánovalo) ale FTDNA má dost méně zdravotně zajímavých SNPů. Ale ne zase úplně málo, firmou, která se snažila zdravotní SNPy vymýtit úplně tuším byla MyHeritage. Naopak jestli si to teď nepletu, Ancestry čip byl dost podobný 23andme, nějaký univerzálnější Illumina SNP chip, takže možná by Promethease mělo více výsledků z něj.

Ovšem Promethease není report v tom user friendly 23andme me stylu. Naopak je to spíš agregátor jakési wiki existujících SNPů a lidi co si nechtějí do toho hlouběji ponořit jsou z toho akorát zmatení, děsí se sečtených rizik všeho možného a tak. 23andme to píše mnohem srozumitelněji (nebo by měli, neboť skrz to byla ta tahanice s FDA), ale Promethease vlastě jen usnadňuje hledání co je co za SNP, nějaký společný kontext tomu dát neumí (a ani se nesnaží).


Celá mitka se už dělá docela dlouho, ale z genealogického hlediska se z ní stejně moc nezjistí.
Test se zdravotním reportem se od 23andMe objednává dost těžko, jedině najít v USA nějakého známého, přes kterého by se kit objednal a i přes něj by se doručil zpět. Ani přes Shipito to nejde.

Raw data z FTDNA obsahují mnohem méně zdravotních markerů, které umí Promethease interpretovat, než 23andMe.

Loni mi kity objednané u FTDNA 24.11.2017 dorazily 15.-19.12.2017. (každý jiný den)
FTDNA myslím záměrně z autozomálních testů vyřadila ty části týkající se zdraví, zaměřují se na SNP co mají smysl v genealogii. Tj. převod dat kvůli tomuhle tam moc neřeší, 23andMe analyzuje trochu jiné části DNA. Ze stejného důvodu se z nich u Promethase nezjistí zdaleka tolik, kolik by se zjistilo testem u 23andMe. Aspoň z toho co jsem pochytil.
To mtDNA Full Sequence co dělá FTDNA není celé?
FTDNA mělo do včera mtDNA Full Sequence za $139 - $15 kupon, tj. šlo pořídit za $124. Dnes už není platný ten kupon, ale časem zas něco jistě dají, třeba už na Vánoce.
Líbí se mi zdravotní reporty z 23andMe, ale nechci opět absolvovat čekání na kit z USA (zrovna teď na jeden z FTDNA čekám už přes měsíc). Nevíte, prosím, zda je možné použít raw data např. z FTDNA? Nebo jsem odkázán na zaplacení testu nového (což nechci), nebo třeba na službu Promethase?
 
Lodovico Mas syndrom stoleti? Je mi to jedno! 
Zakladni mitka (HVR1+2) je spis takova nostalgie jakoze vim, odkud asi prisla moje prapaňmáma. Jako mit certifikat v ramecku je to hezky, ale pracovat se s tim asi neda.

Nicmene, zda se mi, ze docela brzo (5-10 let) se bude lidem smahem delat CELA mitka, aby se zmapovaly vrozene poruchy atp. Me se to uz netyka, ale mnozi se dozajist abudou tesit.

 
Nejlevnější mitochondriální DNA test
Děkuji za odpovědi. Jsem si myslel, že to s tou přímou příbuzností při shodě 23 markerů v GaP nebude tak žhavý. Co se týče mitochondriálního testu, tak to s tím nesouvisí. Mám za sebou test Y-DNA test, autozomální test a rád bych k tomu přidal i znalost své mtDNA haploskupny. Bohužel všechny ty mitochondriální DNA testy jsou na mne docela drahý. :-/
 
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
Z WES se to nicméně dá čekat. Většina SNPů pro genealogii je v nekódujících oblastech.
WGS data zatím nebere? Protože to by mělo základní problém s WES daty řešit. Ovšem lidi si stěžují s Genesis hodně i na matching s běžnými SNP kity, především 23andme v5, která jinam nejde. Asi to má co dělat s imputací, která se jim zatím úplně nedaří.

Ano, udělat fake jakýkoliv formát by z toho jít mělo, ovšem na to se skutečně může použít až z WGS. Už jsem předtím třeba přemýšlela, že by něco takového šlo použít třeba na tvorbu "fůzovaného" formátu z několikero různých SNP kitů
Jasně, taky tak jednoho podezřelého teď testuju nejdřív na Y-37, to byla jeho snacha ještě ochotná mu zaplatit, když sám je škrt a chce jen výsledek a ne platit :-). Jen pokud bude shoda tam, tak se přes STR moc nezjistí, jak je stará, takže upgrade pak bude nutný tak jak tak.
GEDmatch Genesis jsem zkoušel na data WES a to bylo opravu žalostné.

Jedna z možností zpracování WGS dat pro GEDmatch je vyrobit soubor CSV/TSV kompatibilní s 23andMe nebo FTDNA nebo Ancestry. Viděl jsem na to nějaké skripty, ale netestoval jsem ještě, jak moc se takto získané výsledky liší od přímých testů.
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
No ale už menším testem můžeš zjistit, že to dál nemá moc cenu testovat, což je taky možná vartianta ;)

A WGS IMHO není moc pro normální lidi. Zvlášť když to slouží především pro generování dat a ne jako i vyhledávací databáze atd. Pro genealogii to snad bude v budoucnu použitelné dost dobře, ale zatím to umí zpracovávat jenom GEDmatch Genesis a podle komentářů zatím vůbec ne dobře.
Jo, zatím těžko odhadovat, po jednom to bude na roky, než to bude mít použitelnou databázi, ideálně fakt získat někde celý balík výsledků do začátku.