Reklama
Nepřihlášený uživatel | Zaregistrovat se
 

Téma:

Koníčky a zálibyNové

Spravuje:

Peters



Reklama



Úvod do genetické genealogie: Beginners Guide to Genetic Genealogy
Databáze české a slovenské DNA: Genebáze
Kde si lze objednat test:
Family Tree DNA - nyní asi nejvhodnější volba
FullGenomes
23andMe
Ancestry DNA
MyHeritage DNA
Forenzní DNA servis
Genomac
Kde lze nalézt shody a další zpracování genetických dat:
Ysearch - zrušeno
mitoYDNA - možná náhrada?
GEDmatch
DNA.LAND
YFull
Další informace:
Facebooková skupina Genetická genealogie
Genetická genealogie na fóru taby.cz
Fórum Anthrogenica
Klub Populární genomika (23andme, SNP, NGS a jiné záhady vaší vlastní DNA)
Klub Rodokmeny, genealogie
Blog Kuby Krcháka (zde gkg): Bohemian genetic genealogy

Díky za zprávu, máte pravdu, tohle forum je fajn a hlavně vám tu vždy někdo poradí. Já jsem teď nějak neměl čas se tomu věnovat, ale budu pokukovat, až bude WGS v akci nebo zase Big-Y.
Tak čekám na další zásilku a uvidím, jak to dopadne tentokrát. Aktuálně se dostala zase do Chicaga. Ale zajímalo by mě, co se vlastně stalo s původní zásilkou - dneska jsem kouknul na trasování, celé zmizela a dostala se zase do počátečního stavu "Label Created, not yet in system".
 
Já mám od Milevska také jednoho R-YP1337->R-A19324. A pak pod R-YP1337 ze středních Čech R-FGC32025 a pod R-L260 R-Y48566 ze Slovenska
YP1337
Také mám YP1337, akorát mi bohužel končí otcovská linie u prapradědy který se narodil jako nemanželský s neznámým otcem.
 
Pod YP1337 možná brzy přibyde další Čech, nechal jsem upgradovat test jednoho Kortana od Milevska, u kterého predikce hádají právě YP1337, i když ne zcela jistě.
VAN Střední Čechy, Pardubice, Židlochovice 
YP1337
Západoslovanská „skupina L260 uvnitř velké„ slovanské “větve M458. M458 je velmi častá u zemí střední Evropy západních Slovanů, zejména v Polsku, České republice a na Slovensku - to je důvod, proč se jmenuje West slovanská. Nachází se také v Maďarsku, západní Ukrajině (Lvovská oblast) a východním Německu. L260 se narodila před 6500 lety v oblasti zahrnující severozápadní Ukrajinu a sousední území Běloruska a Polska, tedy v oblasti zhruba překrývající se s hypotetickou proto-slovanskou domovinou. Zdá se také, že většina prvních členů L260 se podílela na velmi úspěšné západní migraci raných Slovanů ( na částečně vylidněné území ), takže tvoří asi 15 % všech mužů mezi moderními západními Slovany). Zbývající původní členové L260 (vykazující vyrovnanější poměr YP1337 / YP256) byly malou minoritní složkou mezi ranými otroky migrujícími na východ (3-4% mezi moderními východními Slovany) nebo na jih (asi 1% mezi moderními jižními Slovany). YP256 a YP1337 vznikla před 2500 lety. To, že je YP256 početnější naznačuje původní polskou většinu. YP 1337 naznačuje větší zastoupení rusínskou menšinou. Vzácná linie YP1337 se odchýlila od svého bratra (běžnější R-YP256) asi před 2500 lety. Před 1750 lety se však náhle rozšířila napříč střední a východní Evropou, z dnešního Maďarska do Litvy a z dnešní České republiky do Ruska. Nejstarší členové YP1337 pravděpodobně tvořili významnou část mezi Wislany (ale také mezi mnoha dalšími západoslovanskými, východoslovanskými a dokonce i jihoslovanskými kmeny). Všechno výše je velmi spekulativní a je potřeba mnohem více údajů o fylogenetické struktuře YP1337 a o geografickém rozložení jednotlivých podskupin, než bude s dostatečnou jistotou rekonstruovat migrace členů YP1337. Bohatí ranní Slované bohužel buď zpopelnili mrtvé, nebo použili pohřební rituál, který nezanechal žádné archeologicky detekovatelné stopy, takže šance na jakékoli staré výsledky DNA, které nám pomáhají odpovědět na tuto otázku, jsou relativně nízké. Ani pozdější migrace na území Čech v roce 1039 ( zajatci Břetislava I ) nezanechala po sobě archeologické ani písemné stopy.------------------------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------- Lukasz Kossacki- Lytwyn Zajímavý komentář. Jsem však skeptický ohledně vyvozování závěrů o dislokaci YP1337 na současné úrovni známých vzorků (bez archeologických vzorků). Předpokládám, že celá skupina YP1337 bude all-slovanská. Předpokládám, že náš konkrétní předehřívač YP-1337 může být ve skutečnosti z oblasti odpovídající státu Velké Moravy (možná dokonce ze země Visly), ale je příliš brzy na to předjímat.------------------------------------------------------------------------- Pavel Štěpán Vaniš To, že YP1337 vznikla před 2500 lety je po genetické stránce dnes nezpochybnitelné. Nevíme pouze, kde se narodil první muž s touto mutací. Převládající názor je ten, že nejstarší členové YP1337 pravděpodobně tvořili významnou část mezi Wislany. Moravské archeologické vykopávky a genetické testy neprokázaly shodu s haploskupinou R1a1a1b1a1a, která patří k YP1337.--------------------------------------------------------------------------- Great Moravia-slk.png: Autor: I, Helix84, CC BY 2.5, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=2334983
 
Jiffy Moravia 
Opet a stale mluvim o necem jinem. Je to jak do dubu....
Určitě nemusíte mít obavu, že byste se nenaučil pochopit poznatky z výsledků z WGS testu + YFull nebo BigY, vždy se můžete zeptat zde.

Ad. poplatek $99 za BAM u FTDNA. Někdo tomu říká obchodní model, já tomu říkám trapně průhledný pokus o udržení postavení na trhu Y-DNA testů. Oficiálně je to prý proto, že je nákladné soubory BAM udržovat. Tyto soubory ovšem musí mít u každého BigY kitu.
Než ten poplatek v FTDNA zavedli, schválně nechali "vyhnít" volně otevřenou databázi YSearch, kterou sami zavedli.
Nakonec ji zavřeli s výmluvou na GDPR. Nejvíce na to doplatili zákazníci malých (např. českých) laboratoří, kteří si koupili předražené testy, protože ztratili možnost srovnávání.
Ano, je to marné, ale s Vámi. Pro srovnání výsledků z YFull s databází FTDNA není třeba BAM nijak upravovat. Do YFull se při objednávce posílá odkaz na BAM (klidně celého genomu), YFull ho analyzuje a dodá výsledky.
Už se přesně nepamatuji, určitě jsme to už tady spolu řešili. Jinak, než to měli dřív a než je to na https://genome.sph.umich.edu/wiki/Variant_Normalization , takže některé varianty, které jsou na https://isogg.org/tree/ už byly jinak.
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
Jak špatně?
Bohužel FTDNA používá nějaký nestandardní variant calling, že jsou všechny indely špatně. Oni tedy stejně ve FTDNA už nějakou dobu indely nebo MNP ignorují, takže jim to nevadí, a YFull to snad nějak umí opravit, ty jejich indely mají také nestandardní formát, ale jsou aspoň univerzální.
V ceně lze stáhnout VCF soubor, což jsou takový redukovaný předchroustaný data od FTDNA. Jak YFull, tak ydna-warehouse, je taky přijímá. Zjistí se z toho méně, ale aspoň něco.
Jiffy Moravia 
Hele, je to obchodní model. Stejně jako v restauraci předpokládají u poledního menu, že si dáš k roštěné hranolky a ne těstoviny, proto tě v jídelním lístku upozorňují, ať nežádáš záměnu přílohy. Prostě oni na nějakém vzorku zákazníků postavili svou nabídku. A z osobní zkušenosti vím, že většinu genetických genealogů nějaký soubor s exotickou koncovkou nezajímá. Můžeme si o tom myslet, co chceme (sám BAMy svých testů až na výjimky sbírám), nicméně taková je realita.
Aha, takže "předpokládají" za klienta. Myslím, že když si to člověk koupí, tak by to měl obdržet, tj. surová data. I když to znamená, že s nimi momentálně neumí naložit. Ale rozumím konkurečnímu boji a prostě to tak mají, OK. Výsledky 6-10 týdnů, uf.

PETERS: Že to nechtějí, jsou to vaše data, z vašeho biologického vzorku. Si člověk ani nemůže sám nakládat s vlastní DNA ;)

Zdá se, že ten YSeq prediktor hází naprosté nesmysly, kde mi NevGen hází ze 111 markerů správně skoro tu nejnižší skupinu zjištěnou i přes BigY (hluboko pod R1b), tak YSeq si myslí, že si mám objednat J1-M267 Superclade Panel pro upřesnění J1. Nepoužitelné. (a prověřoval jsem, STR převzal správně)
No zlevnili... jsou to takové hrátky s čísly.
Já jsem to ještě nezkoušel. Možná je to souborem dat, na kterém se ten jejich prediktor učil?
Protože nechce, aby se ty BAM posílaly na YFull nebo na https://ydna-warehouse.org/submit.php nebo aby je analyzovali správce skupin na FTDNA.
Jiffy Moravia 
Umožní, ale za dalších 99 dolarů. Oni si prostě zvolili obchodní model, kdy předpokládají (podle mého názoru správně), že většina genetických genealogů ta surová data nepotřebuje, nevyužije a tedy nepožaduje (plus je to konkurenční boj s Yfull, aby tam lidé nenahrávali svá data a rostl rozdíl mezi oběma databázemi – plánuju si dělat každý půlrok statistiku, zda tomu tak skutečně je). Na základě toho pak Big-Y zlevnili.