Reklama
Nepřihlášený uživatel | Zaregistrovat se
 

Téma:

Koníčky a zálibyNové

Spravuje:

Peters



Reklama



Úvod do genetické genealogie: Beginners Guide to Genetic Genealogy
Databáze české a slovenské DNA: Genebáze
Kde si lze objednat test:
Family Tree DNA - nyní asi nejvhodnější volba
FullGenomes
23andMe
Ancestry DNA
MyHeritage DNA
National Geographic
Forenzní DNA servis
Genomac
Kde lze nalézt shody a další zpracování genetických dat:
Ysearch - zrušeno
mitoYDNA - možná náhrada?
GEDmatch
DNA.LAND
YFull
Další informace:
Fórum Anthrogenica
Klub Populární genomika (23andme, SNP, NGS a jiné záhady vaší vlastní DNA)
Klub Rodokmeny, genealogie
Blog Kuby Krcháka (zde gkg): Bohemian genetic genealogy

Už na DNA.land čekám 10 dní na zprocesování kitu. Už jsem jim několikrát psal a pořád bez odpovědi. Máte s nimi někdo podrobnou zkušenost?
Zajímavý. Taky tam teda ještě jednou zkusím uploadnout tyhle data.:)
Na DNA.LAND provádějí tzv. imputaci, kdy ze známých SNP odhadují ty neznámé. Prý to funguje dobře, ale já tomu moc nevěřím. Zvlášť když člověk 5x uploaduje stejná data a jimi imputovaná data se dost liší.
Zjištění SNPs z raw data na DNA.land
Ahoj, mám asi trochu začátečnícký dotaz o vyhledávání SNPs v raw data. Podle rozboru mého raw DNA data mám SNP rs1606974 na 2. chromozómu a pozici 51873599 A/A. Což je podle nich docela vzácné (cca 11 procent v evropské populaci) a výrazně mi to přidává do toho jejich skóru Educational Attainment. Nicméně když si procházím ve wordpadu můj raw dna zápis, tak tam žádná taková SNP není. Hned před touhle pozicí (51873354) i za touhle pozicí (51876227) na 2. chromozómu mám alely T/T. Jak teda přišli, že v mém DNA mám SNP rs1606974 s těmito alely? Děkuji za odpověď.
 
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
Důkazní váha je ale v tomto případě na kolegovi, ne na vás :)
SANOV Střední Čechy 
Tak hluboce nejsem zběhlý. Mám spor s kolegou, který mi tvrdí, že se v ČR nechalo testovat na určení původu předků pomocí analýzy DNA už více než 100.000 lidí, to se mi zdá až moc přehnané.
Určitě ne.

Data od všech organizací provádějících testy nebudou k dispozici.

I kdyby byly, trvalé bydliště se nikde nevyplňuje.

I kdyby vyplňovalo, nešlo by eliminovat duplicity.


Ostatně, co myslíte tím původem? Y-Dna, Au-ANA nebo mtDNA?
SANOV Střední Čechy 
Lze najít pravdivý údaj, kolik občanů žijících trvale v ČR si nechalo testovat DNA na původ.
 
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
Spammer.
elizaddd Works in biochemistry field 
infomativní
Zajímavé vlákno a velmi infomativní. Označím to pro pozdější čtení. --------- z Creative Peptides
 
To tam přidali až někdy možná před půl rokem, předtím tam měli maximálně VCF a BAM jen na disku.
Na https://us.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genome-sequencing
přímo píší: "FASTQ, BAM, VCF files available for download free of charge (VCF files include SNPs, INDELs, CNV and SV)"

Vzdálený příbuzný z U.S. očekává v květnu výsledky. Při objednávce požadoval všechna data přes cloud,
jsem zvědav s čím Dante přijde.
Mají tam teď garanci výsledků do 90 dnů jinak vrácení peněz: https://www.dantelabs.com/blogs/news/whole-genome-offer-for-dna-day-2019

Uvidíme.

BAM by snad měli časem umět nahrát na sequencing.com: https://sequencing.com/dante-labs ale zatím to nefunguje.
Akce - poslední den
Dante má v akci WGS za 199E, což je slušné. dneska je to poslední den. Výsledky ale byly za půl roku a bez BAM file, za ten jsem připlatil 69E a ještě mi ho stále neposlali. (zatím čekám 2 měsíce)
 
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
Ani SNPy takovým způsobem nevznikají. Samozřejmě určité látky nebo životní styl (kouření, alkohol, strava, práce nebo život v toxickém nebo nezdravém prostředí) mohou zvyšovat riziko poškození DNA v buňkách, ale zdaleka nejvyšším zdrojem poškození a následných možných mutací je samotný oxidativní metabolismus každé buňky.
A nebo chyby vznikající při kopírování DNA, ty nejsou taky zřídka a jsou úplně nezávislé na poškození DNA.

Další věcí je že ty změny se musí stát přesně v buňkách tvořících gamety, které bývají dost chráněné. U žen se tvoří už v embryu a zůstávají v klidové fázi až do puberty.
U mužů se tvoří celý život, takže je prokázané že muži mající děti v pozdějším věku jim mohou přenášet výše SNPů. Ale ne tak událostmi v životě, ale prostě tím že ty buňky jsou starší a déle vystavené působením metabolismu a jiných věcí.
honyk Východní Čechy 
 
honyk Východní Čechy 
Díky moc za objasnění. Dobré vědět. Já si tak trochu naivně myslel, že to souvisí s nějakou zlomovou situací během života (nemoc, stres, strádání, změna prostředí), kdy se v těle něco pohne a způsobí mutaci, která se přenáší na potomky :-) Takže vlastně něco, co píšete s tou SNP.
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
K mutacím měnícím počet repetic STR dochází téměř výhradně během meiosy, což je u mužů během tvorby spermií. Při oplodnění ne a v průběhu života se mohou u mužů kumulovat v zárodečných buňkách SNPy ale změny v STR ne.
Nicméně každá taková změna se pak týká jen těch daných spermií a ne "všech následujících po nich", rekombinace se dějí vždycky nanovo z původního počtu repetic.
Z toho bych odhadovala, že situace kdy všichni synované mají stejnou de novo změnu STR dojde velice vzácně a pak by to pravděpodobně mohla být nějaká ještě komplikovanější genetická piškuntálie. Ale prakticky nevím, třeba má někdo vlastní zkušenosti.

Co se frekvence změn týká, zjevně existují i tzv. rapidly mutating (RM) Y-STRs, které se mohou lišit i mezi bratry.

Při hledání jsem našla tenhle zajímavý forenzní článek, který popisuje historii jednoho holandského případu ale obsahuje zajímavou historii a dokonce využití Y-DNA pro určení etnicity ve forenzní genetice, příbuznosti a dokonce forenzní
genealogie v kombinaci s Y-DNA. Cool.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5418305/
honyk Východní Čechy 
Zdroj STR mutací
Existují nějaké odhady, ve které fázi dochází ke změně hodnot STR markerů? Ve fázi tvorby spermie, při oplodnění, nebo v průběhu života? Nebo jinak, jak časté jsou případy, kdy mají všichni synové stejnou mutaci a kdy naopak se mutace projeví buď jen u jednoho, případně jen u těch mladších.
 
Trofozoit E agora? Enterram-se os mortos   e cuidam-se os vivos
Ti tam ale taky přišli z Afriky :)
Reakce na | Vlákno