Reklama
Nepřihlášený uživatel | Zaregistrovat se
 

Téma:

Koníčky a zálibyNové

Spravuje:

Peters



Reklama



Úvod do genetické genealogie: Beginners Guide to Genetic Genealogy
Databáze české a slovenské DNA: Genebáze
Kde si lze objednat test:
Family Tree DNA - nyní asi nejvhodnější volba
FullGenomes
23andMe
Ancestry DNA
MyHeritage DNA
Forenzní DNA servis
Genomac
Kde lze nalézt shody a další zpracování genetických dat:
Ysearch - zrušeno
mitoYDNA - možná náhrada?
GEDmatch
DNA.LAND
YFull
Další informace:
Facebooková skupina Genetická genealogie
Genetická genealogie na fóru taby.cz
Fórum Anthrogenica
Klub Populární genomika (23andme, SNP, NGS a jiné záhady vaší vlastní DNA)
Klub Rodokmeny, genealogie
Blog Kuby Krcháka (zde gkg): Bohemian genetic genealogy

Už mě to také napadlo :-) Odhadlo to z toho E1b, E nebo R1, takže pro mě význam nemá. Předpokládám, že výsledek z Y testu už základní skupinu nezmění.
Jestli má výsledek z MyHeritage, lze určit základní Y skupinu i z něj (opět hloubka uzlu záleží na štěstí, někdo skoční s určením R1a, někdo jde třeba až k 5 tisíc let staré skupině jen). Stačí použít tento nástroj.
1) na stránce dole zaškrtnout, pak Browse a vyberat soubor s RAW daty z MyHeritage, Submit.
2) kliknout na větší odkaz "Feed this data into the MorleyDNA.com Y-SNP Subclade Predictor"
3) zaškrtnout souhlas, pak tlačítko "Predict"

Vyjede výsledek a z něj jde odvodit haploskupina, na kterou je pozitivní.
Taky to nechápu. Zhruba před rokem mi napsal, že má test od MyHeritage, tak jsem mu odepsal, že z něj moc nezjistíme, jestli si může udělat Y-DNA na FTDNA. Na to mi neodpověděl. Tak jsem se mu teď po dlouhé době připomněl a odepsal mi, že čeká na výsledek LivingDNA, které Y-DNA také testuje. Tak budu aspoň vědět, jestli se jeho větví má smysl zabývat.
Teda míň praktickou firmu si zvolit nemohl? :)
Jde o testování přes čip, který kromě autozomálních dat čte i 4700 SNP z mtDNA a 22500 SNP z Y-DNA, z toho to zhruba určí skupinu. Jakou přesně záleží na tom, jak se jeho mutace trefí do těch, co to čte. Těžko hádat předem, ale o moc níž než je to I-37 bych to nečekal.
Ozval se mi jeden člověk s příjmením, které mě zajímá, že prý si objednal test u LivingDNA, který prý zahrnuje i Y-DNA. Do FTDNA výsledek nedostanu, ale dá se od toho něco čekat? Nějaké podrobnější určení haploskupiny než jen např. I-P37?
 
Tak i letos Black Friday Sale u Dante Labs: WGS 30x za 149 €
 
Tuším že Ancestry se snaží ty pile-ups podchycovat a upravit srovnávací algoritmy, aby ty úseky nenadhodnocoval (úsek 10cM v té oblasti má větší pravděpodobnost, že bude mnoho set let starý, než jinde). Přirozené to asi je, problém je, že to komplikuje pak poznávání shod dohledatelných v matričním období třeba. Každopádně je dobré u svých shod o takových úsecích vědět a zohlednit to při zpracování svých výsledků.
honyk Východní Čechy 
Přijde mi, že ta nakupení (vyjma falešných shod) jsou přirozená věc a s větším počtem otestovaných to bude stále výraznější. Je to dědictví po kvalitních zakladatelích rodů, jejichž genefond je hojně rozšířený a prosákl i do vývodu testované osoby. Mimo obecných pile-ups předpokládám, že bude mít každý specifické pro svůj "klan". Použitý způsob párování profilů testovacími společnostmi výsledný efekt ještě umocňuje.
Proto píšu může jít. ;-) Chybí srovnání s ostatními službami, bylo by zajímavé dostat stejná data odjinud na stejných lidech, bohužel utopie.
honyk Východní Čechy 
Z článku o pile-ups na ISOGG jsem nabyl dojmu, že "známá" navršení je výsledek relativně malého vzorku několika studií. Tzn. jsem opatrný považovat navršení mimo šedé plochy jako falešné shody od MH...
Jednoduše kde se mu hromadí jaké shody. Když má půlku shod v jednom místě, asi nebudou úplně ok. Když jsou šedě podbarvené, jde o známé pile-up regiony, kde ne, může jít o artefakt nedobrého vyhodnocování shod na MH.
Co vlastně z těch obrázků člověk pozná?

Chr 5

Chr 15

Jj, což jen ukazuje, že to vyhodnocení fakt není ok. Něco jsou obecně známá navršení/pile-ups (ty co jsem dohledal jsem podbarvil šedě), kde v evropské populaci opravdu jsou shody přes mnoho staletí či prostě ten kus maj lidi často stejný, ale u MH toho je fakt moc.
Vypadá to pěkně. Je zajímavé, že téměř na všech chromozomech mám shody soustředěné do jednoho místa https://i.ibb.co/TwtHSkQ/V-st-i-ek.jpg
Kdo by si chtěl srovnat kde má jaké shody na MyHeritage, udělal jsem grafické znázornění segmentů shod. Data se nikam nenahrávají, jen se otevřou v prohlížeči a zpracují. Na MH je to DNA - Shody DNA - trojtečkové menu vpravo nahoře - Exportovat informace o sdíleném segmentu DNA pro všechny DNA Shody, výsledek zašlou mailem jako zip, ten je třeba vybalit a předhodit toolu.
Mám data ze srpna 2019 a ze dnes a můžu říct, že co se týká algoritmů na shody, nezměnili za tu dobu ani ň, vše vypadá totožně, jen je tam logicky někde shod víc než bylo.
 
honyk Východní Čechy 
Přihlásil jsem se do FB skupiny ISOGG https://www.facebook.com/groups/11416337921/ - chtěl bych tam to téma nenásilně nadhodit - čistě jen pro získání zpětné vazby, zda se s tím potýkají i jiní (nejen našinci). Pokud ano, byla by to už větší základna pro případný tlak na MH.
Tak na poslední dotaz, zda jim opravdu nepřijde divné, že ten segment na ch15 je v hodně případech 41,3 cM / 5632 SNP i pro nepříbuzné kity, ani jedna z více jak 20 takových shod není příbuzná mezi sebou a žádné z dětí nezdědilo ani kousíček tohoto segmentu, jsem obdržel odpověď:

I'll pass on your feedback to the developers to look at. Thank you for taking the time to prepare such a detailed description of what you've observed.

I když si nedělám naděje, tak snad se to konečně dostane k někomu, kdo nebude jenom pořád dokola tvrdit, jak je vše v pořádku. Tak třeba je právě nejlepší čas, aby jim stejný problém nahlásilo co nejvíce dalších lidí.
 
Nemohu potvrdit, kity rodičů jsem nahrával 2018 a na 15ce toho mají spousty (a něco už z té doby), průběžně nahrávané kity od té doby až po letošek je mají taky, nepozoruju nějaký extra rozdíl v čase, jen možná ty trochu novější kity mají ty shody na 15 častěji ještě absurdněji větší. Pile-up region chápu jako shodu, co tam podle dat opravdu je (tj. opravdu shodná data), ale na FTDNA ani GEDmatchi se mezi stejnými kity, co mají na MH shodu na 15cce, žádná shoda neukazuje. Stejně tak pile-up bývá malý, ten na 15cce 10-11cM, ale MH tam vymýšlí shody i přes 40cM.
Ono kdyby ty falešné shody měly 7-10cM, tak je extra člověk neřeší, to se stane a zapadne mezi stovkama dalších a může jít o ten pile-up, ale když to tam jak na běžícím pásu hází shody přes 20cM a někdy až přes 40cM, to už je hodně okatý nesmysl, co navíc kazí i přehlednost, jelikož to plevelí shody, co by jinak velikostně byly velmi zajímavé. Třeba zrovna o víkendu mi skočila na jednom testu (upload srpen 2019) shoda 54cM (9728 SNP) na začátku 15ky, žádné triangulace, můj strom 250 let ve východních Čechách, předci u shody všechno ve Francii...
Segment chromozomu 15 (způsobující falešně pozitivní shody) je tzv. "pile-up region", viz. https://isogg.org/wiki/Identical_by_descent
GSA čip (MH) testuje na tomto segmentu přibližně 1800 SNP markerů, tj. více než 50% SNP je imputovaných.

Falešné shody s tímto segmentem pozoruji na MH cca poslední rok, předtím se negenerovaly.
Kity nahrané po tomto "upgradu" chr15 segment mají, kity předtím ne. V tom vidím i vysvětlení proč je spoustu shod s chr15 netriangulovaných.
 
Tak ono to lze vidět i na dalších funkcích. Místo aby přinášeli nějaké praktické funkce pro tvorbu rodokmenu, tak se tam objevují pouze zbytečnosti jako obarvování nebo ostření fotek, které sice oslní velkou skupinu uživatelů, ale prakticky jsou úplně k ničemu. A když jim pak člověk reportuje, že Smart Match, které před pár lety fungovaly výborně, dneska dávají naprosté nesmysly a jako shodu označí i osoby s úplně jiným jménem žijící v úplně jiném století, tak je to vůbec nezajímá a tvrdí, že je vše v pořádku.

Stále mám v paměti, když ještě fungovalo jejích diskuzní fórum, jak tam někdo požadoval, aby Smart Match nenabízelo shody, které byly zkopírovány z jeho vlastního rodokmenu. Na to někdo z podpory odpověděl, že algoritmus SM je strašně složitý, že je nemožné něco takového zjistit a zakomponovat. Jelikož se ale u každé zkopírované shody zobrazuje i její zdroj, tak je otázka, zda vůbec ví, jak jejich algoritmy fungují.